В 1868-1870 годах зодчим Кербалаи Сефи-ханом Карабаги была построена мечеть. Имеет она организацию внутреннего пространства присущую мечетям карабахского региона, то есть членение на двухэтажные галереи каменными колоннами и применение купольного перекрытия. В этом же стиле построены также в городе Барда мечеть, мечети Джума и Ашагы, мечеть Говхараги в Шуше, мечети в селении Горадиз и в городе Физули.
29 февраля 1992 года после Ходжалинской резни в Агдам доставили 200 тел, которые в мечети сначала разместили. Сейид Садыгов, директор мечети сообщал, что было доставлено в мечеть 477 трупов.
23 июля 1993 года после занятия армянами Агдама город был в руины превращён. Созданная на территории античных земель Азербайджана, Армения с целью оккупации » Нагорного Карабаха » — новой территории Азербайджана, в первую очередь, вовлекла Агдамский район. Самые большие тяжести с первого дня событий выпали на Агдамский район и его население. Также пострадала и мечеть. У мечети были снесены чердак и крыша. Разрушены двери, окна, мраморный пол и внутренняя обделка. В здании мечети в настоящее время гуляют коровы. В самой мечети пол целиком загажен отходами от крупнорогатого скота, который в дневное время слоняется по руинам Агдама
В 2009 году были проведены работы на средства государственного бюджета НКР. Ее территорию очистили и оградили. Но до сих пор одна из главных достопримечательностей Азербайджана остается в заброшенном состоянии.